Предком домашней лошади является не лошадь Пржевальского, как считалось раньше, а вымерший вид дикой лошади — тарпан. В 2009 году работавшая в Казахстане группа ученых опубликовала данные, что ею обнаружены самые ранние данные об одомашнивании лошадей. Как указывается в статье "...Международная группа археологов из Великобритании, США, России и Казахстана, руководимая британскими учеными из Эксетерского и Бристольского университето, отыскала самые ранние из всех известных свидетельств одомашнивания (доместикации) лошадей человеком. Открытия были совершены на территории Казахстана, в древних деревнях Красного Яра и Васильковки, где были обнаружены тысячи лошадиных костей. Речь идет о энеолитической ботайской культуре (3700-3100 до н.э., названа она по поселку Ботай в Кокшетауской области) и времени, отстоящем от нашего по крайней мере на 5500 лет. Это примерно на тысячу лет раньше всех иных свидетельств одомашнивания лошади и на две тысячи древнее тех одомашненных лошадей, останки которых были обнаружены в Европе....Ведущий автор статьи, доктор Алан Утрам из Школы географии, археологии и земных ресурсов  при Эксетерском университете заявил следующее: "Одомашнивание лошадей имело огромные социальные и экономические последствия, оно дало толчок развитию межплеменных коммуникаций, транспорта, способствовало развитию продовольственного производства и отразилось на тактике ведения войн. А наши выводы свидетельствуют о том, что лошади были одомашнены на тысячу лет раньше, чем думали до сих пор, и все это существенно меняет общую картину развития ранних обществ". "  Имеется и другое мнение, что впервые лошадь была приручена древними людьми в Южном Предуралье на стоянках Муллино и Давлеканово (территория Башкортостана). Там же были найдены самые древние останки лошади, которые датируются рубежом VII—VI тыс. до н. э. В степях Евразии лошади были одомашнены за много тысяч лет до того, как они попали на юг, на территории распространения древнейших ближневосточных цивилизаций. До раскопок в Муллино предполагалось, что самая древняя лошадь была одомашнена в степях Украины.
Лошадь в казахстанской степи.Лошади с особой полнотой изучены на ископаемых остатках в третичных отложениях Америки. В течение этого периода Америка была населена разнообразными млекопитающими, похожими на лошадь, но все они вымерли до открытия Америки европейцами. Первоначальные, ещё не найденные прародители лошади, по Маршу, имели по 5 пальцев на передних и задних ногах. Древнейший известный прародитель лошади, Eohippus из нижнего эоцена, был величиной с лисицу и имел на передних ногах по 4 хорошо развитых пальца и зачатку 5, на задних по 3. Выше в эоцене находятся остатки Orohippus такой же величины, но с 4 пальцами на передних ногах и 3 на задних. В верхнем эоцене встречается  с такими же ногами, но отличающийся по зубам. На границе миоцена найден , величиной с овцу, с 3 развитыми и 1 зачаточным пальцем на передних и 3 на задних ногах, несколько выше Miohippus, или Anchitherium, у которого грифельная косточка 5-го, или наружного, пальца уменьшилась до короткого зачатка. В плиоцене изобиловал Protohippus, или Hipparion, величиной с осла, с 3 пальцами на передних и задних ногах, а ещё выше, в плиоцене, появляется близкий родственник современной лошади, род Pliohippus с 1 развитым пальцем, а ещё выше — настоящие лошади , величиной с современных, которые и заканчивают эту серию.

Ископаемые остатки форм, считаемых за прародителей лошади или принадлежавших к близким к ним боковым ветвям (так некоторые исследователи рассматривают гиппариона), известны и в других частях света.

Довольно часто у домашних лошадей встречаются уклонения, приближающие их к диким представителям семейства. Чаще всего уклонения эти, рассматриваемые как атавизм (то есть возвращение к признакам предков), касаются цвета шерсти; сюда относится, например, появление у лошадей светлой масти темной полосы вдоль спины, иногда с несколькими полосами на плечах. Некоторые считают за атавистическое явление и масть в яблоках, рассматривая крапины как остатки полосатости. Встречаются изредка более резкие и поразительные случаи атавизма — именно полидиктализм, то есть появление 1 или более лишних пальцев; по Маршу, чаще всего встречается 2-й (внутренний) палец с вполне развитыми пястными или плюсневыми костями, вполне развитыми суставами пальца и копытом, которое, однако, редко касается земли. В случае развития 2 лишних пальцев по бокам среднего нога получает сходство с ногой гиппариона.